铜锣烧系列 只管保藏系列—最全转录因子数据库汇总

转录因子（Transcription Factor，TF）一群能与基因5'端上游特定序列专一性集中的卵白质分子。它们在基因抒发调控中饰演着至关迫切的变装，保证方向基因以特定强度在特定时期、空间抒发，是联接包括发育和发病机理在内的生物经过分子调控机制的基础。主邀功能：调动基因抒发、参与胚胎发育经过、参与免疫反馈。接下来启动正题，共享TF关联数据库：1、AnimalTFDB v4.0AnimalTFDB是一个空洞性数据库，包括了183种动物基因组的全基因组范围内转录因子（TFs）和转录补助因子分类和疑望。在最新版块AnimalTFDB v4.0中，共有27万个TFs，根据DNA集中域被进一步分为73眷属和六大类。同期，还有15万个转录补助因子被分为82个眷属和六大类。被合计是最全的TF数据库。https://guolab.wchscu.cn/AnimalTFDB4//#/

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2、hTFtargethTFtarget数据库从东谈主类TFs（659个TFs的7，190个本质样本）在569种要求（399种细胞系类型，129类组织或细胞以及141种处理风景）下的大范畴ChIP-Seq数据中用心整理出了全面的TF-target相干。可查询东谈主类TFs靶基因，查询相应的ChIP-Seq样本信息，展望序列的转录因子集中位点等。https://guolab.wchscu.cn/hTFtarget/#!/

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3、TRRUST v2TRRUST数据库是一个基于文本挖掘和东谈主难懂理的东谈主类和小鼠转录调控汇集数据库。TRRUST v2版块包含了800个东谈主类TFs和828个小鼠TFs的8，444个和6，552个TF-target调控相干，这些相干起首于11，237篇PubMed著述。数据库还提供了调控模式（激活或抑制）的信息。https://www.grnpedia.org/trrust/          

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4、PlantTFDB v5PlantTFDB数据库，是一个专注于存储和处理与植物转录因子关联数据的资源平台。包含了从165个物种中展望的320，370个转录因子。对于TF皆进行了全面的疑望，包括功能域、三维结构、GO、PO、抒发信息、疏淡功能描写、集中motif序列、调控信息、互相作用、参考文件等。数据库还提供了与其他数据库的交叉延续，如UniProt、RefSeq、STRING、Entrez等http://planttfdb.gao-lab.org/index.php

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5、JASPAR   JASPAR数据库是一个专诚用于采集、整理和分析转录因子集中位点motif信息的洞开得到数据库。数据库共采集了脊椎动物、虫豸、线虫、真菌、植物和尾索动物六大类生物经过严格筛选和去重的关联数据。集中位点以位置频率矩阵（PFMs）的表情呈现。https://jaspar.genereg.net/

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6、HOCOMOCOHOCOMOCO数据库是一个基于ChIP-Seq数据构建的东谈主和小鼠转录因子集中位点（TFBS）的空洞性数据库。数据库提供了基于本质数据构建，并经过严格筛选和考证的转录因子集中位点预防信息。况且提供了多种用具和功能，如MoLoTool可用于查找基因启动子区序列中集中的转录因子，MACRO-APE用于motif比拟及雷同motif检索等。https://hocomoco11.autosome.org/

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7、TransmiR v2TransmiR数据库是一个专注于转录因子和miRNA之间调控相干的数据库。TransmiR v2.0包含了3，730个经过文件整理的TF-miRNA调控相干，这些相干消释了约623个TFs、约785个miRNAs、19个物种和1，349篇出书物。还提供了5个物种中基于ChIP-seq笔据的1，785，998个TF-miRNA调控相干。还可基于东谈主类TFs的集中 motif 矩阵来展望TF-miRNA的调控相干。   http://www.cuilab.cn/transmir

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8、KnockTF2.0KnockTF2.0数据库是一个空洞的东谈主类和小鼠转录因子敲除（knockdown/knockout）基因抒发谱数据库。存储了1468个手动整理的RNA-seq和芯片数据集，这些数据集与东谈主类、小鼠、拟南芥和玉米中的612个TFs和172个转录补助因子（TcoFs）关联。数据库还提供了TcoFs靶基因包括超等增强子、增强子、转录因子集中位点、各种SNPs、eQTL、甲基化位点、DNase I精致锐位点、染色质互相作用、染色质可接近区域、CRISPR/Cas9靶位点和拓扑关联域等遗传疑望信息。https://bio.liclab.net/KnockTF/index.php

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9、Cistrome DB刘小乐团队诞生Cistrome DB主要收录了来自东谈主类和小鼠的ChIP-seq、ATAC-seq和DNase-seq数据，提供了或者45000个东谈主类和44000个小鼠样本的转录因子、转录补助因子、染色质重塑因子以及组卵白修饰的全基因组位置信息。ToolKit分析用具可检索调控特定基因的TFs、集中在特定区域的TFs，以及搜检哪些TFs的遵守与输入peak遵守有较着的类似，用于转录因子的colocation分析。   http://cistrome.org/db/#/

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伦理片在线观看影院麒麟10、ChIPBase v3.0ChIPBase v3.0是一个专注于疑望和发现ChIP-Seq数据中miRNA和lncRNAs的TF集中路线以偏激转录调控相干数据库。通过分析约55，000个ChIP-seq数据集，识别到了约171，600个基因与约3，000个调控因子之间的约151，187，000个调控相干。通过整合约65，000个平日样本和约15，000个肿瘤样本的抒发谱，构建了调控因子与其靶基因之间的预防共抒发图谱。https://rnasysu.com/chipbase3/index.php

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11、MotifMapMotifMap是一个专注于分析和可视化转录因子集中位点（TFBSs）和motifs的数据库。该数据库整合了多种起首的ChIP-seq数据和高通量测序数据，旨在提供全面、准确的TF与DNA互相作用的信息:包括集中位点、集中强度等信息。http://motifmap.ics.uci.edu/   

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12、TRANSFACTRANSFAC数据库是一个对于真核生物转录调控的全面数据库。它整合了大宗对于转录因子、TFs基因组上集中位点以及DNA集中profiles的信息。此外，还整合了TRANSCompel数据库（构成元件数据库）和TRANSpro数据库（全面采集东谈主类和其他8个物种基因组启动子数据库）。http://genexplain.com/transfac/

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13、UniPROBEUniPROBE数据库存储了通过通用卵白质集中微阵列（PBM）时间生成的体外卵白质DNA集中特异性的数据。该数据库系数存储了来自原核生物哈维氏弧菌、真核生物疟原虫、寄生虫顶复门隐孢子虫、酵母酿酒酵母、灿艳隐杆线虫、小鼠和东谈主类。的726种非冗余卵白质和复合物的DNA集中数据。http://the_brain.bwh.harvard.edu/uniprobe/browse.php  

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今天共享的实用TF数据库就更新到这里了，灵验紧记保藏哦！课题谋略、生信分析 扫码决策

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